小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台──合众地方,这里居住着许多他们所不知道的神奇宝贝。当他们初次踏上这片土地时,突如其来的黑云笼罩天空,伴随着神秘的神奇宝贝。随之而来且脱胎换骨的火箭队,以及活动目的不明的神秘团体,在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上,更多的考验在等着他们。